Геральдическое описание герба: «Красно-зеленое поле рассекает лазоревая (голубая, синяя) лента. В средней части щита в виде узла наложена серебряная нить (связь), верхняя часть которой состоит из золотых хлебных зерен. В вольной части герб Вологодской области».
Символика герба: в основу герба Бабаевского муниципального района взята фигура в виде узла, состоящего из сплетенных кос — горбуш.
Косы — орудия крестьянского труда — символизируют историческую связь и дружбу двух народов, вепсов и русских, основное население района.
Узел символизирует районный центр г. Бабаево (важный железнодорожный узел), связавший район в единое муниципальное образование.
Зерна — сельсоветы.
Красный цвет поля символизирует любовь к Вологодскому краю, мужество живущих на севере людей.
Зеленый цвет — богатство северной природы, необозримые просторы, свободу, радость бытия.
Голубая лента символизирует реку Суда (реки и озера края). С рекой Судой связано становление и развитие района.
Синий (голубой) цвет — символ возвышенных устремлений, великодушие и искренность.
Серебро — символ совершенства, прочности, мира, сотрудничества.
Золото — символ богатства, величия, справедливости, веры в будущее.
Герб Вологодской области, помещенный в вольной части, указывает на территориальную принадлежность к Вологодской области.
Автор герба: Матвеев Владимир Петрович (г. Бабаево).